Ubuntu 12.04 „Precise Pangolin“
Ubuntu 10.04 „Lucid Lynx“
UCSF Chimera
ist ein Molekülbetrachter, vergleichbar mit VMD und PyMOL. Chimera läuft unter den gängigen Betriebssystemen Linux, Windows und MacOS. Es kann sowohl atomare Modelle aus der Protein_Data_Bank (PDB) als auch Elektronendichtekarten (EDM) der Electron Microscopy Data Bank
(EMDB) darstellen. Von der Bedienung ist es intuitiver als VMD zu benutzen. Chimera beherrscht die üblichen Darstellungsmodi wie z.B. Comic, Atomar und Oberfläche. Tutorials und Bildmaterial sind in großem Umfang auf der Projektseite
vorhanden.
Chimera ist für den nicht-kommerziellen Gebrauch kostenlos. Unternehmen, die professionell mit Chimera arbeiten, benötigen eine Lizenz.
Die Navigation des Molekülbetrachters ist recht intuitiv gehalten. So lässt sich das zu betrachtende Objekt mit der linken Maustaste
drehen. Die rechte Maustaste
sowie das Mausrad sind für den Zoom zuständig. Die mittlere Mauttaste verschiebt Objekte.
Arbeitet man mit mehreren Objekten auf einmal lassen sich über das model panel
Sichtbarkeit und Aktivität der einzelnen Objekte ein- und ausschalten.
Chimera ist nicht in den Paketquellen von Ubuntu enthalten. Allerdings ist die Installation recht einfach. Eine nahezu selbst laufende Installationsroutine wird auf der Downloadseite des Projekts
bereitgestellt.
Fremdsoftware kann das System gefährden.
Dieses Installationsskript ist allerdings nur über das Terminal [1] lauffähig. Nachdem man den geeigneten Installer für das System heruntergeladen hat (32-/64-Bit), muss dieser ausführbar gemacht werden[2].
Nun startet man den Installer aus dem Terminal [1]:
./chimera-VERSIONSNUMMER-linux.bin
Die Installation bietet an, Chimera global zu installieren (mit Root-Rechten[3]) oder überlässt dem Benutzer die Wahl, wohin man Chimera installieren möchte. Im letzteren Fall müsste der manuell eingegebene Installationspfad sich im Homeverzeichnis des Benutzers befinden. Diese Option ist praktisch, da einige Erweiterungen mit neueren Chimera-Versionen nicht kompatibel sind. Ausserdem kann man festlegen, dass gleich ein Startsymbol auf dem Desktop angelegt werden soll.
Chimera benötigt Grafikkartentreiber, die eine 3D-Beschleunigung zu OpenGL ermöglichen. Entsprechende Anleitungen zur Treiberinstallation sind für ATI-Grafikkarten und Nvidia-Grafikkarten vorhanden.
Da es sich bei dem Installer nicht um ein .deb-Paket handelt, wird kein Starter im Menü angelegt. Das Programm lässt sich nach der Installation über folgenden Befehl starten. Nach Installation mit Root-Rechten [3] im Vorgabeordner:
/usr/local/chimera/bin/chimera
Nach Installation ohne Root-Rechte in einem eigens angegebenen Installationsverzeichnis:
/installationspfad/bin/chimera
Hat man den korrekten Befehl gefunden, kann man mit diesem einen komfortableren Starter mit dem Menüeditor [4] erstellen. Möchte man global Chimera über jeden angemeldeten Benutzer starten, kann man dies über eine Verlinkung erreichen:
sudo ln -s /installationspfad/bin/chimera /usr/local/bin/.
Hierfür benötigt man allerdings Root-Rechte.
Wurde Chimera global installiert, wird über folgenden Befehl das Installationsverzeichnis ausfindig gemacht:
rm -rf `chimera --root`
Hat man Chimera über den Installer woanders installiert, ist das Installationsverzeichnis bekannt. Abschließend löscht man das komplette Chimera-Verzeichnis.
<installationsverzeichnis>/rm -R cd .. rmdir <installtionsverzeichnis>