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Avogadro

Dieser Artikel wurde für die folgenden Ubuntu-Versionen getestet:

Zum Verständnis dieses Artikels sind folgende Seiten hilfreich:

./logo.png Avogadro {en} ist ein Molekül-Editor für Computerchemie, Molekulardesign, Bioinformatik, Biochemie, Materialwissenschaften und verwandte Gebiete. Ziel des Projekts ist es, ein Gerüst zum Visualisieren und Editieren von Molekülgeometrien zu bieten. Genutzt werden das Qt-Toolkit, OpenGL und die OpenBabel {en} Bibliothek zur Umwandlung der verschiedenen Speicherformate für chemische Strukturen. Avogadro ist zudem durch eigene Plugins und Skripte erweiterbar.

avogadro.png
Avogadro

Installation

Folgendes Paket muss installiert werden [1]:

  • avogadro (universe)

Wiki/Vorlagen/Installbutton/button.png mit apturl

Paketliste zum Kopieren:

sudo apt-get install avogadro 

sudo aptitude install avogadro 

Benutzung

Die Benutzung ist sehr intuitiv. Kugel-Stäbchen oder Kalottenmodelle von chemischen Strukturen können einfach zusammengeklickt werden. Über Erweiterungen lässt sich die Geometrie optimieren und Bindungslängen können ausgemessen werden.

Proteine

Interessant ist die Möglichkeit, Proteinstrukturen mit POV-Ray zu rendern. Hierfür die Strukturdaten (.pdb) aus der RCSB Protein Data Bank {en} herunterladen und mit Avogadro importieren. Man wählt dann unter Ansicht "Cartoon" aus, um eine Vorschau zu erhalten. Mit "Export -> POV-Ray" wird ein PNG generiert. Das Bild baut sich dann langsam auf.

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