DICOM, Digital Imaging and Communications in Medicine, auf deutsch Digitale Bildgebung und Kommunikation in der Medizin, stellt mittlerweile den Standard dar für den Austausch von Bildinformationen in der Medizin. Untersuchungen werden zumeist nicht mehr als Film- oder Papierausdruck, sondern digital auf CD mitgegeben und liegen dann im DICOM-Format vor. In der Regel wird der CD ein Betrachtungsprogramm, ein Viewer, beigefügt, der üblicherweise aber unter Linux nicht lauffähig ist.
Für den Gesamtbereich medizinischer Bildgebung gibt es das Metapaket med-imaging [1]:
med-imaging (universe)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install med-imaging
sudo aptitude install med-imaging
Enthalten sind u.a.
Aeskulap, DICOM Viewer
Amide für 3D-Rekonstruktionen
Dcmtk OFFIS DICOM toolkit zum Konvertieren von Dateien
Dicomnifti zum Konvertieren in nifti Format
Gingko CADx, kompletter DICOM-Viewer
FSLView 3D Viewer
Imagej Tool für Bildbearbeitung und Analyse
Medcon und xmedcon zum Konvertieren von DICOM Dateien, letzteres graphisch
Für Zwecke der medizinischen Befundung sind die entsprechenden speziellen Anforderungen an die Bildschirme "Befundungsmonitor" zu beachten, siehe auch bfs.de
Möchte man sich diese Bilder lediglich anschauen können, benötigt man einen DICOM-Betrachter.
Es gibt eine Vielzahl von Viewern zum Betrachten von DICOM-Bildern auch für Linux, mit denen alle Bilder hintereinander eingeladen und angezeigt werden können.
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Aeskulap |
In den Quellen vorhanden sowie im Metapaket med-imaging enthalten.
Folgendes Paket muss installiert werden [1]:
aeskulap (universe)
dcmtk (universe, nur unter Ubuntu 8.04 (LTS) extra zu installieren, siehe 229681, kommt sonst automatisch mit)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install aeskulap dcmtk
sudo aptitude install aeskulap dcmtk
Das Programm ist dann unter "Graphik -> Aeskulap Betrachter" zu finden.
Die Funktionen "Suchen" und "Filter löschen" setzen voraus, dass ein "DICOM Dir" vorhanden ist, ein Verzeichnis, in welchem (Patienten) Daten registriert sind.
Mit dem Menüpunkt "Dicom Dir" wird nach genau solchen Dateien gesucht, z.B. auf einer CD.
Der Menüpunkt "Öffnen" erlaubt, direkt Dateien zu finden, allerdings sucht das Programm standardmäßig nach "Dicom.dir", so dass man den voreingestellten Filter von "Dicom Dateien" auf "Alle Dateien" umstellen muss. Durch Auswahl aller Einzelbilder wird eine Serie komplett eingeladen und kann durchgeblättert werden. Zoom und Heller/Dunkler Funktionen sind implementiert.
In den Quellen (Universe) vorhanden sowie im Metapaket med-imaging enthalten.
Folgendes Paket muss installiert werden [1]:
ginkgocadx (universe)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install ginkgocadx
sudo aptitude install ginkgocadx
Das Programm ist dann unter "Sonstiges -> Gingko Dicom" zu finden.
Das Programm ist einfach zu bedienen und bietet einen kompletten DICOM-Viewer mit einem Funktionsumfang, der OsiriX nahe kommt.
Volle DICOM-Image Darstellung
3D-Rekonstruktionen
Komplettes Set mit Bearbeitungswerkzeugen (Ausmessen, Winkel, HE-Werte, Markieren, Text, ...)
Dicom-Datensatz-Erstellung für JPEG, PNG, GIF und TIFF
Unterstützung von elektronischen Krankenblättern (HL7 Standards, IHE-konform)
PACS-Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...)
Erweiterbar für Spezialgebiete:
Oftalmologie (Retinal image mosaic composition, Automatic retinal analysis diagnostics)
Psoriasis Diagnostik
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medcon |
Standardmäßig liegen DICOM-Bilder in einem komprimierten Format und als Einzeldateien vor.
Hierfür wird das Konsolenprogramm [4] medcon benötigt [1].
medcon (universe)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install medcon
sudo aptitude install medcon
Dieses Programm bietet u.a. die Optionen
Optionen | |
Parameter | Beschreibung |
-f | zum Lesen von Dateien |
-anon | zum Anonymisieren |
-c | zum Konvertieren |
-crop <x>:<y>:<w>:<h> | zum Beschneiden |
wobei x/y
Bildkoordinaten links oben, w/h
Breite und Höhe darstellen
Es gibt medcon auch mit graphischer Benutzeroberfläche, das kann aber Dateien nur einzeln konvertieren.Hierzu muss installiert werden [1]:
xmedcon (universe)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install xmedcon
sudo aptitude install xmedcon
Aufruf erfolgt über die Konsole/das Terminal.
Alternativ gibt es das Programm dcmdjpeg, enthalten im Paket dcmtk [1].
dcmtk (universe)
dcmtk-doc (optional)
dcmtk-www (optional)
libdcmtk1 (optional)
libdcmtk1-dev (optional)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install dcmtk dcmtk-doc dcmtk-www libdcmtk1 libdcmtk1-dev
sudo aptitude install dcmtk dcmtk-doc dcmtk-www libdcmtk1 libdcmtk1-dev
Im Terminal [4] muss dann der Befehl in folgender Syntax ausgeführt werden:
dcmdjpeg [OPTIONEN] dcmfile-in dcmfile-out –f * ??
Dadurch gehen natürlich außer dem reinen Bild alle weiteren Informationen wie Patientendaten, technische Parameter usw. verloren.
medcon –c png –f <file>
erzeugt Bilder im png-Format [4]
Medcon –c „nifti“ –f *
Alternativ mit dem Programm Dicomnifti mit der Syntax
dinifti <input> <output>
Möchte man aus einer Bilderserie dreidimensionale Rekonstruktionen vornehmen, d.h. verschiedene Bildebenen des Datensatzes anschauen, müssen die einzelnen DICOM-Bilder in einen 3D-Stapel zusammengeführt werden.
medcon -f * -c dicom -stack3d -n -qc
ergibt <dateiname-stacks>.dcm [4]
medcon –c „nifti“ –f <dateiname-stacks>.dcm
ergibt <dateiname-stacks.>nii , Stapel im nifti Format
Amide steht für "Advanced Medical Imaging Development" und ist auch als einzelnes Paket installierbar [1]:
amide (universe)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install amide
sudo aptitude install amide
Das Programm ist zu finden unter "Graphik -> Amide" und erlaubt ROI-Auswertung, Beschneiden, Volumenrendering sowie Stereoskopie
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FSLView |
Dieses Programm findet sich in den Paketquellen und ist auch im genannten med-imaging-Paket enthalten, aber auch als einzelnes Paket installierbar [1]:
fslview (universe)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install fslview
sudo aptitude install fslview
Benötigt Dateien im Nifti-Format als Stapel (Stack)
Da diese - momentan - meist nicht standardmäßig vorliegen, müssen die o.g. Umwandlungen vorgenommen werden.
Von http://www.slicer.org kann für Linux ein tar.gz gepacktes Archiv sowohl für 32- als auch für 64-bit-Versionen heruntergeladen werden.
Fremdsoftware kann das System gefährden.
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MeVisLab |
Nach Entpacken [5] kann das Programm durch Doppelklick auf „slicer“ im entpackten Verzeichnis gestartet werden. Für dieses Programm gibt es eine ausführliche Anleitung mit Demodatensätzen!
slicer (universe)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install slicer
sudo aptitude install slicer
Bildstapel unter "Addvolume" als "centered" hinzufügen. Erlaubt 3D-Schnittebenen beliebig zu verschieben. VolumeRendering surface geht auch.
Von http://www.mevislab.de kann für Linux sowohl für 32- als auch für 64-bit-Versionen ein Paket MeVisLabSDJ*.bin (aktuell SDK2.1) herunter geladen werden. Laut Hersteller wurde das Programm unter Ubuntu 10.04 getestet. Dies Programm ist offenbar vornehmlich für Entwickler gedacht. Bilder können über das Modul "Dicomimport" hinzugefügt werden. Das Programm verfügt über einen eigenen Installer und einen eigenen Uninstaller, der sauber aufräumt.
Diese Installationsdatei muss ausführbar gemacht werden[6]
chmod u+x MeVisLabSDK*.bin
und wird anschließend ausgeführt mit
./MeVisLabSDK*.bin