Ubuntu 12.04 „Precise Pangolin“
Ubuntu 10.04 „Lucid Lynx“
Avogadro
ist ein Molekül-Editor für Computerchemie, Molekulardesign, Bioinformatik, Biochemie, Materialwissenschaften und verwandte Gebiete. Ziel des Projekts ist es, ein Gerüst zum Visualisieren und Editieren von Molekülgeometrien zu bieten. Genutzt werden das Qt-Toolkit, OpenGL und die OpenBabel
Bibliothek zur Umwandlung der verschiedenen Speicherformate für chemische Strukturen. Avogadro ist zudem durch eigene Plugins und Skripte erweiterbar.
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Avogadro |
Folgendes Paket muss installiert werden [1]:
avogadro (universe)
mit apturl
Paketliste zum Kopieren:
sudo apt-get install avogadro
sudo aptitude install avogadro
Die Benutzung ist sehr intuitiv. Kugel-Stäbchen oder Kalottenmodelle von chemischen Strukturen können einfach zusammengeklickt werden. Über Erweiterungen lässt sich die Geometrie optimieren und Bindungslängen können ausgemessen werden.
Interessant ist die Möglichkeit, Proteinstrukturen mit POV-Ray zu rendern. Hierfür die Strukturdaten (.pdb) aus der RCSB Protein Data Bank herunterladen und mit Avogadro importieren. Man wählt dann unter Ansicht "Cartoon" aus, um eine Vorschau zu erhalten. Mit "Export -> POV-Ray" wird ein PNG generiert. Das Bild baut sich dann langsam auf.